Trụ sở của Dinh Thống đốc đặt tại Sài Gòn (về sau gọi là Dinh Gia Long). Người miền Nam quen gọi là Soái phủ Nam Kỳ (Gouvernement des Amiraux), vì cho tới năm 1878 nó còn là dinh của một võ quan Pháp, hàm Lieutenant-Gouverneur, tức Phó soái. Kể từ năm 1879 mới thay quan võ bằng quan văn, và Thống đốc Nam Kỳ (dân sự) đầu tiên là Charles Le Myre de Vilers. Mãi đến năm 1926, khi gọi Quyền Thống đốc Le Fol, người Nam Kỳ vẫn còn quen miệng kêu lẫn lộn là Thống soái, Phó soái, dù ông không phải là sĩ quan.